Protest uzyskał akceptację Departamentu Wojny, który usunął Augustę z oddziału i pozostawił go w dyspozycji jako naczelnego lekarza szpitala dla Afroamerykanów w Camp Barker. Na początku 1864 roku został ponownie przeniesiony do Baltimore, gdzie zajmował się badaniami lekarskimi czarnoskórych rekrutów. Po raz kolejny stał się obiektem rasistowskiego ataku, gdy miejscowy płatnik wojskowy odmówił wypłacania należnego mu z racji funkcji i stopnia żołdu w wysokości 169 ówczesnych dolarów, twierdząc, że wystarczy siedem, jak każdemu czarnoskóremu żołnierzowi. W efekcie przyłączył się do protestu afroamerykańskich wojskowych, którzy zażądali zrównania ich żołdu z wypłacanym białym (13 dolarów). Przyniósł on efekt w postaci decyzji Kongresu z czerwca tegoż roku, zrównującej żołd niezależnie od koloru skóry. W lutym 1864 roku Augusta został wypchnięty z tramwaju konnego przez konduktora, ponieważ, będąc w pełnym umundurowaniu oficera Unii, chciał zająć miejsce przeznaczone dla białych. Zdarzenie to stało się przedmiotem interwencji senatora Charlesa Sumnera i przyczyniło do formalnego zniesienia segregacji rasowej w komunikacji publicznej na obszarze dystryktu stołecznego.