Według jugosłowiańskiego prawa odpowiadał wówczas wyłącznie przed prezydentem federacji i najwyższą radą bezpieczeństwa składającą się z prezydenta federalnego i prezydentów dwóch republik.
Po dymisji i odejściu z wojska Momčilo Perišić w 1999 założył partię polityczną Ruch na rzecz Demokratycznej Serbii, opozycyjną wobec Slobodana Miloševicia, którą wprowadził do Demokratycznej Opozycji Serbii. Po wygranych przez DOS wyborach w styczniu 2001 objął urząd wicepremiera w gabinecie Zorana Đinđicia. W marcu 2002 został zatrzymany, gdy próbował przekazać objęte klauzulą tajności dokumenty amerykańskiemu dyplomacie. W rezultacie zrezygnował ze stanowiska w rządzie.
W 2005 Momčilo Perišić dobrowolnie stawił się przed Międzynarodowym Trybunałem Karnym dla byłej Jugosławii w Hadze. Został oskarżony o zbrodnie wojenne związane z działaniami żołnierzy Armii Jugosłowiańskiej walczących w Krajinie oraz w Bośni i Hercegowinie. Zarzucono mu także bezpośrednie przyczynienie się do zbrodni wojennych w trakcie oblężenia Sarajewa, masakry w Srebrenicy i ataku rakietowego na Zagrzeb. We wrześniu 2011 w pierwszej instancji ICTY uznał go za winnego i skazał na karę 27 lat pozbawienia wolności.