30 sierpnia 1960 władze państwowe uznały budynek za obiekt zabytkowy, a w związku z tym w 1965 rozpoczęto przygotowania do jego gruntownej rekonstrukcji. Głównym architektem projektu renowacji została Galina G. Oranskaja, która pracowała wcześniej w archiwach Irkucka, Tobolska, Jenisejska, Moskwy, Leningradu i w innych miastach. W 1968 rozpoczęły się prace rekonstrukcyjne, podczas których północną kaplicę boczną rozebrano, okna na pierwszym piętrze zostały przycięte, a zewnętrzne polichromie wschodniej i południowej elewacji zostały odbudowane. Prace zakończono w 1980, a dwa lata później obiekt został otwarty dla zwiedzających jako oddział Muzeum Krajoznawczego Obwodu Irkuckiego.
W 2006 obchodzono w Irkucku 300-lecie Cerkwi Zbawiciela, wówczas także obiekt przekazano eparchii irkuckiej i angarskiej i poddany został pracom rekonstrukcyjnym. Jesienią 2010, w związku z jubileuszem miasta, w cerkwi rozpoczęto kolejne prace rekonstrukcyjne. Zakończono je w 2011, a cerkiew została oddana do użytku, przed wejściem zaś ustawiono pomnik Piotra i Fiewronii – świętych prawosławnych, patronów rodziny.