Wśród nich najczęściej występujące to: gągoł (Bucephala clangula), kaczka czernica (Aythya fuligula), ogorzałka zwyczajna (Aythya marila), lodówka (Clangula hyemalis), bielaczek (Mergus albellus), szlachar (Mergus serrator), nurogęś (Mergus merganser) i krzyżówka (Anas platyrhynchos).
Na liście chronionych zwierząt żyjących na obszarze parku narodowego znajduje się 75 gatunków: 45 – ptaków, 15 – owadów, 10 – ssaków, 2 – ryb, 2 – gadów i 1 płaz.
Flora W Nadbajkalskim Parku Narodowym występuje ponad 1100 gatunków roślin naczyniowych (czyli ponad połowa flory centralnej Syberii), z czego prawie jedna trzecia wymaga specjalnej ochrony (endemity, rośliny rzadkie, gatunki o ograniczonym obszarze występowania, itp.). Wśród nich 21 endemitów obszaru zachodniego Przybajkala, około 30 ogólnobajkalskich endemitów oraz wiele gatunków cennych roślin, ze względu na ich małą populację. Lista rzadkich i chronionych roślin parku narodowego zawiera 76 gatunków, z czego 20 znajduje się w Czerwonej księdze gatunków zagrożonych. Występuje tu także 250 gatunków porostów i 200 gatunków mchów.