Następnie obiekt przeszedł na własność OGPU i służył jako miejsce egzekucji przez rozstrzelanie, przez co zaczął być popularnie określany jako Rasstrielnyj chram. W latach 70. XX wieku budowlę przekazano przedsiębiorstwu „Giprobytprom”. Nie pełniąc przez dekady funkcji sakralnych, cerkiew została całkowicie przebudowana wewnątrz. Dopiero w latach 1976–1979 została częściowo odrestaurowana (z zewnątrz), na jej kopułach ponownie pojawiły się krzyże. Mimo to jeszcze w 1990 w budynku mieścił się magazyn.
Po 1991 Rosyjski Kościół Prawosławny odzyskał cerkiew w 1992. Nowe straty budynek poniósł w 1993 w czasie kryzysu konstytucyjnego; na ścianach obiektu nadal widoczne są ślady po kulach. Pierwsza Święta Liturgia po dziesięcioleciach zniszczeń miała miejsce w święto Wjazdu Pańskiego do Jerozolimy (Niedziela Palmowa) 24 kwietnia 1994Новая история. Pod kierunkiem proboszcza parafii protoprezbitera Antoniego Sierowa budowla została odremontowana: odnowiono ocalałe fragmenty fresków i wykonano nowe malowidła. Do cerkwi uczęszcza ok. 800 osób.