W 1941 roku, po wygłoszeniu niepochlebnych uwag na temat pracowników Kansas City Art Institute, został odwołany ze stanowiska.
Lata 40. XX wieku i późniejsze Po zakończeniu II wojny światowej zainteresowanie regionalizmem osłabło; dotyczyło to również pozycji Bentona. W świecie sztuki amerykańskiej zaczął dominować ekspresjonizm abstrakcyjny, którego liczni twórcy rekrutowali się spośród byłych uczniów Bentona w Art Students League.
Ostatnie lata swojej kariery Benton poświęcił na malowanie stylizowanych obrazów przedstawiających farmy sprzed rewolucji przemysłowej oraz pejzaże. Jego murale z tego okresu to między innymi Lincoln (1953) wykonany dla Lincoln University w Jefferson City, Old Kansas City (1956) dla Kansas City River Club, Father Hennepin at Niagara Falls (1961) dla New York Power Authority, Turn of the Century, Joplin (1972) dla miasta Joplin oraz The Sources of Country Music (1975) dla Country Music Hall of Fame and Museum w Nashville.