Zajęcia zostały wznowione na początku 1944 roku. Warunki po zakończeniu wojny były bardzo trudne, większość budynków została zniszczona wskutek działań militarnych, zginęło także wielu pracowników instytutu. W 1950 roku znacząco zwiększona została dotacja państwa, co umożliwiło rozwój placówki. W 1956 roku instytut uzyskał uprawnienie do przeprowadzania dysertacji kandydackich, w kolejnych latach otwarto wydział dentystyczny, a w latach sześćdziesiątych instytut otrzymał nowe obiekty, m.in. kampusy dla studentów. W 1970 roku w murach instytutu studiowało 3500 osób.
Zmiany w funkcjonowaniu placówki przyszły po rozpadzie Związku Radzieckiego i przekształceniach ustrojowych, jakie zachodziły w Federacji Rosyjskiej w latach dziewięćdziesiątych XX wieku. Od 1992 roku instytut rozpoczął przyjmowanie obcokrajowców, a w 1994 roku utworzył dla nich specjalny wydział. 15 czerwca 1994 Smoleński Państwowy Instytut Medyczny został przekształcony w Smoleńską Państwową Akademię Medyczną (ros. Смоленская государственная медицинская академия). Sytuacja poprawiła się po 2000 roku, gdy rozpoczęto inwestycje w nowe budynki, a także zaczęto otwierać nowe wydziały. Od 1970 roku działa muzeum poświęcone historii akademii. Rektorem uczelni jest Igor Wiktorowicz Otwagin. Pełni on swą funkcję od 2008 roku.