Posiadał również władzę polityczną, wyrażającą się w prawie do wydawania edyktów regulujących kwestie specyficzne dla kolonii oraz implementacji królewskich zarządzeń i dekretów obowiązujących także dziedzicznych kapitanów.
Gubernator generalny stawał się głównodowodzącym kolonialnych sił lądowych i morskich. Zobowiązany został do dopilnowania aby osiedla założone w pozostałych regionach ufortyfikowano, a ich mieszkańcom dostarczono broń. Zbudowana miała zostać również trzymająca Francuzów na dystans flota. W kwestiach relacji z tubylcami dokument zakazywał obracania ich w niewolę (będącą według dworu główną przyczyną ich niechęci) oraz nakaz konwersji na katolicyzm.
Pierwszym gubernatorem został Tomé de Sousa, który przypłynął do Brazylii 29 marca 1549 razem z liczącym sobie ok. 1000 osób orszakiem, składającym się głównie z żołnierzy, drobnej szlachty, chłopów i pewnej liczby degredados (kryminalistów). Kolejne konwoje z osadnikami przybyły kolejno w 1550 i 1551.