Oskarżył on biskupa o przyjazne kontakty i udzielanie pomocy metropolicie Ignacemu (Smole), który, pozbawiony urzędu przebywał w podległym mu klasztorze. Działania takie traktowane były jako przestępstwo państwowe. 6 września 1731 caryca, poinformowana o sprawie przez Teofana (Prokopowicza), wyraziła zgodę na rozpoczęcie właśnie przez niego śledztwa przeciwko metropolicie kazańskiemu. Do dotychczasowych zarzutów dodano jeszcze zarzut obrazy cesarzowej, gdyż, jak donosił Gabriel, Ignacy (Smoła) miał w rozmowie z Sylwestrem stwierdzić, iż „baba” nie powinna sądzić biskupa.
W domu biskupim w Kazaniu przeprowadzono przeszukanie, w czasie którego odnaleziono zeszyt zawierający cytaty z tekstów Ojców Kościoła z osobistymi notatkami Sylwestra, w których krytykował on reformę cerkiewną Piotra oraz listem (adresata nie ustalono), w którym Teofana (Prokopowicza) określał jako nieprawosławnego. Sylwester został przewieziony na przesłuchanie do Niżnego Nowogrodu, a następnie osadzony w Ławrze św. Aleksandra Newskiego bez prawa noszenia panagii i odprawiania nabożeństw rytem przewidzianym dla biskupów. Przeciwko znajdującemu się w niełasce biskupowi złożone zostały kolejne donosy, informujące o odmowie modlitw za Synod.