Jako badacz kulturowy i kolekcjoner, Frobenius, po każdym pobycie za granicą, zwykle wracał do Niemiec z pokaźnymi ilościami zdobyczy, artefaktów, dokumentów i pamiątek. W 1925 roku miasto Frankfurt nabyło jego kolekcję około 4700 kamiennych afrykańskich, prehistorycznych malowideł, które znajdują się obecnie w Instytucie Etnologii na Uniwersytecie we Frankfurcie nad Menem, który w 1946 na cześć badacza zyskał nazwę . Również wiele jego notatek terenowych i dokumentów wizualnych (rysunki, akwarele, zdjęcia), tworzonych nie tylko przez niego samego, ale również przez jego towarzyszy, zostały zachowane i są przechowywane w archiwach Instytutu Frobeniusa.
Dziedzictwo Frobenius był jednym z czołowych antropologów swego czasu, choć był postrzegany jako kontrowersyjny. Nie ograniczał się wyłącznie do etnograficznego opisu faktów, a jego prace na temat morfologii kultury wyrosły z głębokiej wiedzy na temat kultur pierwotnych. Powszechne uznanie zyskał jego zbiór danych etnograficznych i tradycji ustnej, jak również kompleksowa dokumentacja afrykańskich malowideł skalnych, które postrzegał jako cenną sztukę. Wyniki jego badań zostały opublikowane w ponad 50 książkach i licznych artykułach. Jego pisma opublikowane w kolekcii „Atlantis: Volksmarchen und Volksdichtung Afrikas” (vol.