II wojna światowa W 1939 w Gdyni zgłosił się ochotniczo do wojska i brał udział w topieniu broni w basenie portowym. Uniknął aresztowania, bo szukano go w Gdańsku. Następnie w październiku 1939 przyjechał do Poznania, gdzie należał do współzałożycieli tajnej organizacji „Ojczyzna”, której przewodził razem z Kiryłem SosonowskimA. Pietrowicz, Konspiracja wielkopolska 1939–1945, „Biuletyn Instytutu Pamięci Narodowej”, 2011, nr 5–6, s. 29.. W lutym 1940 został z jej ramienia wydelegowany do Warszawy dla nawiązania kontaktu z komendantem głównym ZWZ, generałem Stefanem Roweckim ps. „Grot”, który zaprzysiężył jego i Sosnowskiego do ZWZA. Pietrowicz, Organizacja „Ojczyzna” 1939–1945, „Biuletyn Instytutu Pamięci Narodowej”, 2007, nr 8–9, s. 59.. Zamieszkał w Warszawie i na terenie warszawskim przyczynił się do założenia „Ojczyzny”. Współzałożyciel Studium Zachodniego oraz działał w Radzie Głównej Opiekuńczej. Od 1941 pracował w Delegaturze Rządu na Kraj, gdzie był wicedyrektorem departamentu skarbuJ. Płóciennik-Turski, Szpalty pamięci: adwokat Jan Jacek Nikisch (1910–1996), „Palestra”, 41, 1997, nr 1–2 (469–470).. Utrzymywał stałe kontakty z „Ojczyzną” w Wielkopolsce podczas całego okresu pobytu w Warszawie. Aresztowany 22 listopada 1943 (przypadkowo, po godzinie policyjnej)W. Bartoszewski, Warszawski pierścień śmierci 1939–1944.