8 kwietnia został zabrany do Katynia (rosyjski badacz Aleksiej Pamiatnych zidentyfikował go na liście wywózkowej NKWD nr N 418/12), gdzie został rozstrzelany między 9 a 11 kwietnia 1940 przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Pogrzebano go w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji prowadzonych pod nadzorem Niemców pod numerem 501 – raport dzienny z 25 kwietnia 1943 (w dokumentach niemieckich dosłownie określony jako Wladimierz Drugan; został odnaleziony w mundurze, przy jego zwłokach znajdowały się: metryka aktu ślubu zawartego we Lwowie, łańcuszek, portmonetka oraz dwie pocztówki). Figuruje na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 0501 opisany jako Drugan Włodzimierz.

Życie prywatne Jego żoną została Stanisława z domu Bednarska, z którą miał syna Ottona.