W czasie kampanii wrześniowej 1939 dowodził Chełmskim Batalionem ON. Wziął udział w obronie Lwowa, w czasie której został ranny 17 września. Dwa dni później został wyznaczony na stanowisko I adiutanta pułku piechoty Góra Stracenia. Po agresji ZSRR na Polskę i kapitulacji załogi Lwowa został aresztowany przez Sowietów. Był przetrzymywany w obozie w Starobielsku. Wiosną 1940 wraz z innymi jeńcami osadzonymi w Starobielsku został przewieziony do Charkowa i zamordowany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Charkowie oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Pogrzebano go potajemnie w bezimiennej mogile zbiorowej w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na Liście Starobielskiej NKWD pod pozycją 975.
Józef Dubiński był żonaty z Jadwigą z Korsaków, z którą miał syna i trzy córki.
Ordery i odznaczenia Krzyż Walecznych Medal Niepodległości Srebrny Krzyż Zasługi Medal Pamiątkowy za Wojnę 1918–1921 „Polska Swemu Obrońcy” Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości