W okresie trwającej okupacji niemieckiej działał w Armii Krajowej, pomimo swojego kalectwa wspierał przerzut oficerów wojskowych na Węgry. 23 marca 1943 został aresztowany przez Gestapo i pod zarzutem współudziału w przerzucie przez granicę. Był osadzony w Drohobyczu, następnie we Lwowie, gdzie z powodu niezgłoszenia stopnia oficerskiego został skazany przez niemiecki sąd specjalny na karę śmierci. Po kilku miesiącach spędzonych w więzieniu przy Łąckiego we Lwowie, w wyniku aktu łaski wydanej przez führera, kara została zamieniona na bezterminowe internowanie w obozie koncentracyjnym Lublin na Majdanku. Następnie Zygmunt Cšadek pracował tam w kotłowni. W lipcu 1944, wraz z nadejściem frontu wschodniego i oswobodzeniu obozu przez sowietów, odzyskał wolność.
Służba w ludowym Wojsku Polskim w latach 1944–1945 W listopadzie 1944 zgłosił się do Naczelnego Dowódcy Wojska Polskiego i swego dowódcy z Legionów Polskich, Michała Roli-Żymierskiego, po czym uzyskał przydział służbowy na stanowisko komendanta Kursów Chorążych 3 Armii Wojska Polskiego. W marcu 1945 kierowane przez niego kursy zostały przekształcone w Oficerską Szkołę Piechoty Nr 3 w Tomaszowie Mazowieckim. 22 sierpnia 1945 został zastępcą dowódcy 1 Dywizji Piechoty im. Tadeusza Kościuszki.