Betlejem i inne chrześcijańskie miejsca święte. Wszystkie miejsca i miejscowości posiadają opisy w języku greckim. Oznaczonych zostało 150 lokalizacji.
Największym elementem mapy jest znajdujące się w jej centrum topograficzne przedstawienie Jerozolimy. Autor bardzo dokładnie przedstawił poszczególne budowle jerozolimskiego Starego Miasta: Bramę Damasceńską, Bramę Lwów, Złotą Bramę, Bramę Syjońską, Bazylikę Bożego Grobu, Kościół Matki Bożej Nowej, Cytadelę Dawida, jerozolimskie cardo maximus oraz decumanus. Mapa z Madaby stanowi pierwszorzędne źródło do poznania topografii bizantyjskiej Jerozolimy. Dokładniej przedstawione też zostały: Flavia Neapolis, Aszkelon, Gaza, Peluzjum i Charachmobę (Al-Karak). Przedstawienia tych miast mogą być uznane za starożytne mapy drogowe.
Znaczenie naukowe Mapa z Madaby jest najstarszą znaną mapą mozaikową w historii sztuki. Jest jednym z cenniejszych źródeł używanych przez biblistów i archeologów do lokalizacji miejsc biblijnych. Mapa pomogła w dokładnym ustaleniu położenia miasta Aszkelon (na mapie Asqalan). W 1967 podczas wykopalisk w dzielnicy żydowskiej Starego Miasta w Jerozolimie odkryto pozostałości Kościoła Matki Bożej Nowej oraz ówczesną główną ulicę miasta – Cardo Maximus.