Pierwszą wystawę zorganizowano w 1947 roku, a nową siedzibą placów został budynek dawnej kliniki chirurgicznej przy ul. Marcinkowskiego 1. Opiekę nad muzeum sprawowały: Zarząd Miejski (do 1949 roku), Muzeum Górnośląskie w Bytomiu (1949–1951), Muzeum Śląskie we Wrocławiu (1951–1957) oraz Muzeum Śląska Opolskiego w Opolu (od 1957). w tym okresie zbiory muzeum wzbogaciły się o szereg eksponatów archeologicznych, odkrytych w trakcie odbudowy miasta ze zniszczeń wojennych. W 1984 roku muzeum przeniosło się do swej obecnej siedziby – Pałacu Biskupiego biskupów wrocławskich.

Zbiory thumb|240px|Pieter Aertsen, Wnętrze izby wiejskiej (2 poł. XVI w.) Aktualnie w muzeum prezentowane są następujące ekspozycje stałe: archeologiczna pt. „Pradzieje ziemi nyskiej”, zawierająca eksponaty pochodzące z wykopalisk z okolic Nysy, Otmuchowa, Paczkowa, Wójcic i Radzikowic, datowane począwszy od paleolitu po wcześnie średniowiecze. historyczne: „Kultura materialna ziemi nyskiej”, prezentująca eksponaty pochodzące z okresu od XIII do XVI wieku, „Sztuka i rzemiosło artystyczne od XVI do XIX wieku”, na którą składają się meble oraz rzemiosło artystyczne z tego okresu, „Nyskie rzemiosło artystyczne i pamiątki miejskie”, prezentująca miejscowe wyroby rzemieślnicze oraz dokumentująca działalność nyskich cechów, „Militaria” – kolekcja broni białej,