W związku z reorganizacją oddziałów WOP w 1948 roku, strażnica podporządkowana została dowódcy 36 batalionu OP. Od stycznia 1951 roku strażnica WOP Górzyca podlegała dowódcy 94 batalionu WOP. Od 15 marca 1954 wprowadzono nową numerację strażnic, a strażnica WOP Górzyca III kategorii otrzymała nr 47. W 1956 rozpoczęto numerowanie strażnic na poziomie brygady. Strażnica Górzyca II kategorii była 20. w 9 Brygadzie Wojsk Ochrony Pogranicza. W 1964 roku strażnica WOP nr 2 Górzyca uzyskała status strażnicy lądowej i zaliczona została do III kategorii. Kilka miesięcy później przeformowano strażnicę lądową WOP Górzyca III kategorii na strażnicę rzeczną kategorii I.
W latach 60. podlegała dowódcy 93 batalionu WOP. W 1976 roku Wojska Ochrony Pogranicza przeszły na dwuszczeblowy system zarządzania. Strażnicę podporządkowano bezpośrednio pod sztab brygady.
Po rozwiązaniu w 1991 roku Wojsk Ochrony Pogranicza, strażnica w Górzycy weszła w podporządkowanie Lubuskiego Oddziału Straży Granicznej.
Ochrona granicy mały|Istniejąca do dzisiaj wieża obserwacyjna w Górzycy obstawiana przez Strażnicę Górzyca. W 1960 roku 2 strażnica WOP Górzyca III kategorii ochraniała odcinek granicy państwowej o długości 9 646 m od znaku granicznego 543 do zn. gr.