Kolejne spotkanie rozegrał 8 kwietnia, zdobywając gola w przegranym 2:3 spotkaniu z Liverpoolem U-21.
Gnabry znalazł się w składzie pierwszej drużyny powołanej na pierwszy mecz sezonu 2013/2014 z Aston Villą, jednak spędził pełne 90 minut na ławce rezerwowych. 22 września 2013 po raz pierwszy w karierze wyszedł w podstawowym składzie Arsenalu, zastępując w nim Theo Walcotta, który na rozgrzewce przed meczem ze Stoke City doznał kontuzji. Na boisku przebywał do 73 minuty, gdy to zmienił go Ryō Miyaichi, zaś Arsenal wygrał 3:1. W kolejnym ligowym spotkaniu przeciwko walijskiemu Swansea City Gnabry zdobył swoją pierwszą bramkę w seniorskim futbolu, co pomogło Arsenalowi wygrać 2:1 i utrzymać się na pierwszym miejscu w tabeli. Podczas spotkania z Crystal Palace wywalczył rzut karny, który na bramkę zamienił Mikel Arteta. Dobry początek sezonu w wykonaniu Gnabry'ego sprawił, że został on nominowany do nagrody Złotego Chłopca, a także podpisał nowy, pięcioletni kontrakt z Arsenalem.