W 1917 Wierzbicki odmówił uczestnictwa w działającej przy Tymczasowej Radzie Stanu Komisji Archiwalnej, chociaż opiniował przedłożone mu przez nią projekty ustawy archiwalnej i regulaminówA. Rybarski, Centralny zarząd archiwalny w odrodzonej Rzeczypospolitej polskiej, „Archeion”, T. I (1927), s. 4, 5.. Konflikt osobisty ze Stefanem Ehrenkreutzem trwający jeszcze od 1915 r. miał swoją kulminację w 1919 r. Wtedy to (po objęciu przez tego ostatniego, wcześniej podwładnego Wierzbowskiego w Archiwum Głównym, funkcji kierownika Wydziału Archiwów Państwowych Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego) 21 kwietnia tego roku Wierzbowski podał się do dymisji, w następstwie rozpoczęcia postępowania dyscyplinarnego względem niego (nie uznał w Ehrenkreutzu swojego zwierzchnika). Przez trzy lata (do 1922 r.) mimo formalnego bycia emerytowanym, świadczenie to nie było mu wypłacane, co spowodowało konieczność sprzedawania posiadanych książek i numizmatów. Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 7-5-14/15)