Innego zdania był, nie podlegający Yamashicie, kontradmirał Sanji IwabuchiIwabuchi nie podlegał dowództwu Armii Cesarskiej, lecz dowódcy Floty Obszaru Południowego Zachodu, którym był wiceadmirał Denshichi Okochi, dlatego mógł nie stosować się do rozkazów Yamashity. Był to do końca wojny nie rozwiązany konflikt kompetencyjny, charakterystyczny dla sił zbrojnych wielu państw., pewien, że zdoła utrzymać miasto, nawet jeśli będzie zmuszony walczyć do śmierci. Nim otrzymał awans na admirała, Iwabuchi dowodził pancernikiem „Kirishima”, który w roku 1942 został zatopiony w bitwie pod Guadalcanalem. Poczuwając się do winy za utracony okręt, szukał drogi naprawienia błędów i oczyszczenia. Być może był to główny powód, dla którego ściągnął do miasta podległe mu Morskie Siły Obrony Manili, złożone z członków załóg różnych zatopionych okrętów, m.in. pancernika „Musashi”. Gen. Yokoyama w tej sytuacji uznał, że skoro marynarka ma zamiar walczyć, honor wymaga, by jego trzy bataliony wojsk lądowych, tzw. Oddział Noguchiego, zostały również.