W 2013 roku służby śledcze zaczęły badać działalność fundacji Skołkowo i oskarżyły jej ówczesnego wiceprezesa Aleksieja Bieltiukowa o defraudację w latach 2010–2012 750.000 dolarów, które przekazał on Ponomariowowi za wygłoszenie 10 wykładów i pracę naukową w USA. Ponomariow udowadniał wówczas, że pieniądze przeznaczył na cele zgodne z przeznaczeniem umowy. Pomimo tego w sierpniu 2013 roku sąd nakazał mu wpłatę na rzecz fundacji 2,7 mln rubli.
20 marca 2014 roku jako jedyny zagłosował przeciw włączeniu Krymu do Federacji Rosyjskiej, choć nie zakwestionował zgodności krymskiego referendum z prawem, ani nie zanegował sensu samej inkorporacji tego regionu. W wydanym oświadczeniu Ponomariow skrytykował jedynie nadmierny pośpiech przy podejmowaniu decyzji, sugerując konieczność uprzedniej obserwacji sytuacji międzynarodowej wokół Krymu, co miałoby poprawić stosunki rosyjsko-ukraińskie i zapobiec zbliżeniu Ukrainy do NATO. Po głosowaniu członkowie Liberalno-Demokratycznej Partii Rosji zapowiedzieli, że zamierzają złożyć 7 kwietnia wniosek o pozbawienie Ponomariowa mandatu.