leydyi został zsekwencjonowany, jego wielkość określono na 150 Mbp, zidentyfikowano w nim 16548 genów. Analizy filogenetyczne z użyciem sekwencji genowych tego żebropława wykazały, że to żebropławy właśnie, a nie gąbki, jak dotychczas przypuszczano, są taksonem siostrzanym dla wszystkich pozostałych zwierząt – jako pierwsze oddzieliły się od linii ewolucyjnej, która dała później początek pozostałym typom zwierząt. Z analiz tych wynika, że komórki mezodermalne żebropławów nie są homologiczne do tych występujących u trójwarstwowców, okazuje się natomiast, że u Ctenophora, Porifera i Placozoa występują geny homologiczne do genów odpowiedzialnych za rozwój i funkcjonowanie układu nerwowego u Bilateria. Mitochondrialny DNA M. leidyi ma wielkość 10 kbp, co stawia go wśród najmniejszych spośród znanych cząsteczek mitochondrialnego DNA zwierząt. Genom mitochondrialny tego gatunku utracił wiele genów (m.in. wszystkie mitochondrialne kopie genów tRNA, gen atp6 został przeniesiony do genomu jądrowego). Drugorzędowa struktura mitochondrialnego rRNA jest uproszczona w porównaniu do odpowiednich cząsteczek rRNA u innych zwierząt. W genomie M. leidyi nie stwierdzono obecności mikroRNA ani genów białek jądrowych Drosha i Pasha, związanych z syntezą mikroRNA.