Kościół św. Jana Nepomucena w Bystrzycy Kłodzkiej – zabytkowy kościół filialny parafii św. Michała Archanioła w Bystrzycy Kłodzkiej.
W przeszłości kościół pełnił rolę świątyni szpitalnej. Znajduje się w widłach Nysy Kłodzkiej i jej dopływu, Bystrzycy (Plac Szpitalny i ul. Kolejowa).
Historia Kościół pomocniczy pod wezwaniem św. Jana Nepomucena powstał w XIV wieku jako budowla towarzysząca wybudowanemu poza murami miasta szpitalowi. Zespół ten usytuowany został przy dawnej drodze, biegnącej od Bramy Wodnej przez most na Bystrzycy i dalej na południe, w kierunku Przełęczy Międzyleskiej. Wielokrotnie zmieniano wezwanie kościoła – pierwotne wezwanie NPM zmieniono na św. św. Piotra i Pawła, później św. Antoniego, a od 1833 roku na św. Jana Nepomucena. W przeszłości świątynia była wielokrotnie niszczona, ostatni raz na skutek pożaru. W roku 1833 kościół został odbudowany w ostatecznym, obecnym kształcie.