thumb|250px|Jon Pertwee, odtwórca roli Trzeciego Doktora Trzeci Doktor (ang. Third Doctor) – postać fikcyjna związana z brytyjskim serialem science-fiction pt. Doktor Who, w którą wcielił się Jon Pertwee. Postać pojawiała się w serialu regularnie w latach 1970-1974 (co łącznie składa się na pięć sezonów) oraz gościnnie w historiach The Five Doctors z 1983 i Dimensions in Time z 1993.
Opis postaci Postać jest trzecim wcieleniem tytułowej postaci serialu, Doktora. Trzeci Doktor wyróżniał się od innych swoich wcieleń, tym, że był silnie związany z UNIT-em. Wątek związany w jakiś sposób z tą organizacją pojawia się niemalże w każdym odcinku. Dwóch towarzyszy, Liz oraz Jo, trzeci Doktor uzyskał dzięki UNIT-owi.
Trzeci Doktor tak jak inne wcielenia podróżuje TARDIS-em oraz walczy z przeciwnikami. Podczas swoich podróży Doktor spotyka wrogów, znanych także z poprzednich historii, np. Daleków, mimo to głównym wrogiem dla tego wcielenia staje się nowy przeciwnik – Mistrz. Pod koniec swojej kadencji Doktor napotyka się również na Sontarianów, którzy w późniejszych historiach okazują się przeciwnikiem równym Cybermenom czy Dalekom.