podobnie jest w przypadku nici antysensowej. Stąd wiadomo, że rozkład na obu niciach powinien być podobny, ale przesunięty względem siebie. Programy stosują różne podejścia, żeby wykorzystać tę informację: niektóre przed przystąpieniem do analizy przesuwają lub wydłużają wszystkie tagi w kierunku 5′, inne dopiero po znalezieniu potencjalnych pików szukają potencjalnych artefaktów, które mają wyraźnie różny rozkład na obu niciach.
Istnieje wiele dostępnych narzędzi do analizowania danych ChIP-seq.
Narzędzia do analizy Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS) – może korzystać z próby kontrolnej lub wymodelować tło; przesuwa tagi na niciach o połowę podanej przez użytkownika długości odczytu PeakSeq – wymaga próby kontrolnej; uwzględnia „mapowalność” obszarów genomu BayesPeak – pakiet do programu Bioconductor; może korzystać z próby kontrolnej lub wymodelować tło SoleSearch – lepiej działa dla czynników transkrypcyjnych niż histonów; bierze pod uwagę duże delecje i duplikacje w genomie