Nadal obowiązywał podział na wydziały wschodni i zachodni, z dwoma departamentami każdy, a ponadto, dla prowadzenia działań i zabezpieczenia terytoriów na południowym zachodzie utworzono trzy dodatkowe departamenty (jeden z nich obejmował nowe nabytki, jakimi były (Kalifornia i Oregon)
1848−1853 thumb|150px|Wioska indiańska W tym okresie, po odstąpieniu przez Meksyk Kalifornii i Nowego Meksyku, szczególnym obiektem zainteresowania Armii stało się „pogranicze” zamieszkane przez dość liczne i bitne plemiona indiańskie. Jej zadaniem stała się ochrona ciągnących na zachód osadników, wytyczających nowe szlaki i kartujących pozyskane terytoria mierniczych oraz budowniczych Fortów i linii kolejowych. Wszystkie departamenty były podporządkowane trzem wydziałom (doszedł wydział Pacyfiku).
Najtrudniejsze wyzwanie stało przed departamentami Zachodu, gdzie odnotowano 22 większe konflikty zbrojne. Armia była odpowiedzialna za utrzymanie równowagi między Indianami i osadnikami, stając z reguły po stronie tych ostatnich.