1861−1865 W czasie wojny secesyjnej departament był jednostką terytorialną w strukturze organizacyjnej Armii Unii, podlegającą zwykle bezpośrednio Departamentowi Wojny. Wiele departamentów Unii nosiło nazwy rzek, jak np. Departament Potomaku czy Departament Tennessee. Granice geograficzne tych departamentów ulegały częstym zmianom, podobnie jak ich nazwy. Wraz z rozbudową armii departamenty zaczęły podlegać wydziałom i częstokroć ulegały podziałowi na okręgi, a nawet (od roku 1862) na podokręgi. Sekretarz wojny Stanton powołał do życia United States Military Rail Road (USMRR). Do końca wojny rozbudowany został największy na świecie system linii kolejowych. USMRR dysponowała blisko 4000 km torowisk. W roku 1863 Armia Unii liczyła 920 000 ludzi, w tym zaledwie 40 000 armii regularnej; resztę stanowili ochotnicy. Armia Unii (struktura)
1865−1867 thumb|150px|Pod Gettysburgiem W tym powojennym okresie wydziały były podzielone na większą ilość departamentów. I tak Wydział Atlantyku miał ich sześć, Wydział Tennessee siedem oraz jeden niezależny okręg i jeden podokręg, Wydział Missouri trzy, Wydział Missisipi cztery, Wydział Zatoki pięć, a Wydział Pacyfiku dwa oraz inkorporowany w roku 1868 Departament Alaski.