Kościelne zarzuty Działania księdza zaczęły wkrótce zwracać uwagę i wywoływać wrogie reakcje, których skutkiem były skargi do Biskupstwa w Carcassonne. Biskupstwo ostrzegło Saunière’a przed masowym sprzedawaniem mszy i w maju 1901 roku wysłało mu dwa upomnienia. Te same pisma wystosowano do niego jeszcze w czerwcu 1903 i sierpniu 1904 roku. W 1899 r. Saunière nabył bowiem książkę adresową duchownych, dzięki której kontaktował się zarówno z księżmi jak i z wspólnotami religijnymi w całej Francji i zabiegał o zakup mszy.
W 1902 roku nowym biskupem Carcassonne został Paul-Félix Beuvain de Beauséjour. W styczniu 1909 r. postanowił przenieść księdza do niewielkiej parafii w Coustouge, ale Saunière odmówił nominacji, a 28 stycznia 1909 roku zrezygnował również z funkcji proboszcza Rennes-le-Château. 27 maja 1910 roku biskup wszczął kościelne śledztwo mające wyjaśnić m.in. źródło dochodów księdza. W jego wyniku powstała lista zarzutów, na której znalazł się handel mszami, nieposłuszeństwo wobec biskupa oraz przesadne i nieuzasadnione wydatki. Z tego też powodu Saunière musiał wziąć udział w kościelnej rozprawie, by odnieść się do stawianych mu zarzutów.
Rozprawy i kwestie finansowe thumb|Villa Betania