Chociaż była to kara tymczasowa, to była ona uzależniona od kościelnego orzeczenia, które wymagało od niego rekompensaty i zwrotu sprzeniewierzonych pieniędzy, których i tak nie był w stanie zwrócić.
Ostatnie lata thumb|Grób Saunière’a w Rennes-le-Château
Ostatnie lata swojego życia Saunière spędził w ubóstwie sprzedając religijne medaliki i różańce rannym żołnierzom stacjonującym w Campagne-les-Bains.
Z kolei pieniądze, które zarabiał na mszach, wydawał na prawnika Abbé Jean-Eugène Hugueta, który w jego imieniu nadal odwoływał się do Watykanu. W maju 1914 r. Saunière planował jeszcze budowę letniego domku, ale ponieważ jego koszt wyniósł 2500 franków, postanowił porzucić projekt.
Zmarł 22 stycznia 1917 roku w Rennes-le-Château. Za pogrzeb, który odbył się 24 stycznia zapłaciła jego gospodyni Marie Dénarnaud, której zapisał swój majątek.
14 września 2004 roku burmistrz Rennes-le-Château nakazał ekshumować ciało księdza i pochować ponownie w betonowym sarkofagu, w celu ochrony przed wandalami, którzy kilka dni wcześniej uszkodzili jego nagrobek.