Historia XII–XV w Czas katarów i waldensów. Ruch waldensów został zapoczątkowany przez Pierre’a Valdo (1140–1217), kupca z Lyonu, który nauczał chrześcijaństwa bezpośrednio i w oparciu wyłącznie na Biblii. Małe grupy waldensów powstały w całym obszarze Alp, ale w czasach inkwizycji i wojny albigensów (1209–1229) katarzy wraz z waldensami byli prześladowani i zmuszani do opuszczenia krajów niemieckojęzycznych. Jednym z bardziej znanych wydarzeń w tamtym czasie, które miało miejsce w Dolnej Austrii w 1397 r. było spalenie na stosie żywcem około stu waldensów.
XVI w thumb|200px|Jakub Hutter – tyrolski anabaptysta, założyciel i lider huterytów. Około 1525 roku na obszarze całe kraju powstawały Kościoły braci, z ruchu anabaptystów. Wielu z ich przywódców, takich jak Konrad Grebel, Feliks Manz, Jörg Blaurock i Balthasar Hubmaier, a także ich następcy, byli prześladowani przez Kościół katolicki, a niektórzy z nich życie zakończyli na stosie. Anabaptyści nauczali Biblii, chrzcili osoby w wieku świadomym i brali komunię jako pamiątkę ofiary Jezusa. Sprzeciwiali się naukom Kościoła katolickiego, takim jak: pokropienie wodą głowę dziecka jako metodę chrztu.