W kolejnym sezonie podpisał kontrakt z inną włoską ekipą - Italtrans Racing Team - na starty w pełnym wymiarze. Morbidelli pierwsze punkty wywalczył w trzecim starcie, na argentyńskim torze Termas de Rio Hondo, gdzie dojechał na trzynastej lokacie. Dwa tygodnie później, na francuskim obiekcie Bugatti, zmagania zakończył na dziesiątej pozycji. W całym sezonie dziesięciokrotnie sięgał po punkty, w tym sześciokrotnie dojeżdżał w czołowej ósemce. Najwyżej sklasyfikowany został podczas GP Aragonii, kiedy to zajął piąte miejsce. Dorobek siedemdziesięciu pięciu punktów pozwolił mu zająć 11. lokatę w końcowej klasyfikacji.
W drugim roku współpracy z włoskim zespołem Franco prezentował wyjątkowo równą formę w pierwszych pięciu wyścigach sezonu, regularnie dojeżdżając na piątym bądź szóstym miejscu. Znakomitą serię zakończyła dopiero awaria motocykla podczas domowej rundy na torze Mugello. Pierwsze podium odnotował podczas GP Indianapolis, kiedy to zajął trzecią pozycję z najszybszym okrążeniem wyścigu. Udaną pierwszą połowę sezonu zakończyła kontuzja nogi, która wykluczyła Włocha z rund na torach w Wielkiej Brytanii, San Marino, Aragonii i Japonii. Franco powrócił do startów podczas australijskiej eliminacji na Wyspie Filipa. Mimo niepełnej sprawności, Włoch zdołał dojechać na jedenastej lokacie.