Docierające do hrabstwa kłodzkiego nowinki religijne i zapoczątkowanie reformacji w Kościele rzymskokatolickim wpłynęło na zmniejszenie się liczby zakonników w mieście. Proces ten też nie ominął również franciszkanów, którzy opuścili Kłodzko w początkowych latach XVI wieku. Dobra zakonne przejęła rada miejska, z której polecenia rozebrano budynki pofranciszkańskie zachowując jedynie prezbiterium kościoła, które służyło jako kaplica pogrzebowa. Z kolei ogród zakonny zamieniono na cmentarzK. Marcinek, W. Prorok, Ziemia Kłodzka. Informator turystyczny, Fundacja Rozwoju Miasta i Ziemi Kłodzkiej „Actus”, s. 31.. Franciszkanie wrócili do Kłodzka w 1604 roku i mimo trudności, jakie napotkali ze strony mieszkańców, udało się im wznieść w 1605 roku, nowy mały kościół wraz z klasztorem na swojej dawnej posiadłości, w którym w 1612 roku dodatkowo urządzili szpital dla chorych zakaźnieK. Marcinek, W. Prorok, Ziemia Kłodzka. Informator turystyczny, Fundacja Rozwoju Miasta i Ziemi Kłodzkiej „Actus”, s. 10..