Fauna również jest dość zróżnicowana. Znajduje się tu duża liczba gatunków endemicznych. Na obszarach górskich żyją niedźwiedzie, wilki i lisy. Powszechnie występują jelenie, kozice i dziki. Można tu spotkać także węże, jaszczurki.
Parki Narodowe
Różnorodność typów krajobrazu, flory i fauny zaowocowała powstaniem licznych parków narodowych: Park Narodowy Thethit, Park Narodowy Valbona (oba w Albanii), Park Narodowy Una, Park Narodowy Sutjeska, Park Narodowy Kozara (wszystkie w Bośni i Hercegowinie), Park Narodowy Risnjak, Park Narodowy Jezior Plitwickich, Park Narodowy Paklenica, Park Narodowy Welebitu Północnego, Park Narodowy Krka, Park Narodowy Mljet, Park Narodowy Kornati (wszystkie w Chorwacji), Park Narodowy Durmitor, Park Narodowy Biogradska gora, Park Narodowy Jeziora Szkoderskiego, Park Narodowy Lovćen, Park Narodowy Prokletije (wszystkie w Czarnogórze) oraz Park Narodowy Tara (w Serbii).