Hipoteza latających naczelnych napotkała opór wielu zoologów. Największe sprzeciwy budziło nie to, że Megachiroptera i naczelne są blisko spokrewnione, bowiem odzwierciedla to wcześniejsze poglądy (jak ten grupujący naczelne, wiewióreczniki, skóroskrzydłe i nietoperze w jednostkę taksonomiczną o randze nadrzędu, Archonta). Biolodzy opierali się raczej implikacji, jakoby Megachiroptera i Microchiroptera (nietoperze wykorzystujące echolokację) leżały w odrębnych gałęziach ssaczej ewolucji, a zdolność do lotu wyewoluowała u nich niezależnie. Wniosek ten wywodzi się z faktu, że Microchiroptera nie przypominają naczelnych pod względem żadnej z cech układu nerwowego, zbadanych przez Pettigrew, przypominają za to prymitywne ssaki, jak owadożerne.
Hipoteza latających naczelnych została jednak odrzucona, gdy specjaliści porównali wybrane sekwencje DNA nietoperzy i naczelnych. Badania genetyczne wykazały, że nie ma podstaw do odrzucenia poglądu o monofiletyzmie nietoperzy.