Struktura organizacyjna 30 grudnia 1998 wprowadzony został regulamin organizacyjny. Przewidywał on m.in. następującą strukturę archiwum: Kierownictwo archiwum Dział Informacji Archiwalnej Dział Udostępniania i Kwerend Dział Opracowania Zasobu Dział Przechowywania i Konserwacji Akt Dział Zbiorów Specjalnych.
Na początku 2005 Archiwum SG weszło w skład Biura Ochrony Informacji Niejawnych Komendy Głównej SG. W miejsce działów powołano sekcje, nie zmieniając ich nazw i zakresu zadań. W 2007 nastąpiła kolejna reorganizacjaZarządzenie komendanta głównego Straży Granicznej nr 41 z 23 marca 2007 w sprawie organizacji wchodzących w skład Straży Granicznej komend oddziałów, placówek, dywizjonów oraz ośrodków szkolenia. i zmieniła się też struktura archiwum. Stan z 13 listopada 2023 Kierownik Archiwum SG (zastępca dyrektora BOIN KGSG – płk SG Andrzej Klebeko) Wydział I Archiwum SG (naczelnik – płk SG Arkadiusz Wilczura, z-ca naczelnika – ppłk SG Artur Ochal) Sekcja Informacji Archiwalnej, Udostępniania i Kwerend Wydziału I ASG (kierownik – Patryk Rybak) Sekcja Opracowania Zasobu Wydziału I ASG (kierownik – Katarzyna Promońska) Wydział II Archiwum SG (naczelnik – płk SG Piotr Ilcewicz, z-ca naczelnika – ppłk SG Danuta Cholewa).