Po wybuchu II wojny światowej i agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 na terenach wschodnich II Rzeczypospolitej został aresztowany przez Sowietów 20 września 1939 w Tarnopolu. Początkowo był osadzony w tamtejszym więzieniu, a 14 listopada przetransportowano go do obozu jenieckiego w Juchnowie, 20 grudnia do obozu jenieckiego w Kozielsku, skąd wywieziono do 7 stycznia 1940. W 1940 został zamordowany przez NKWD. Jego nazwisko znalazło się na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej opublikowanej w 1994 (został wymieniony na liście wywózkowej 41/2-24 oznaczony numerem 347). Ofiary tej części zbrodni katyńskiej zostały pochowane na otwartym w 2012 Polskim Cmentarzu Wojennym w Kijowie-Bykowni. Poprzednik Wojciecha Buciora na stanowisku starosty sanockiego, Izydor Wagner, także został ofiarą zbrodni katyńskiej dokonywanej na terenach ukraińskich.
Wojciech Bucior był dwukrotnie żonaty. Z pierwszą żoną miał syna Wojciecha (ur. 8 listopada 1914). Jego drugą żoną była Ludmiła z domu Kramus. Była ona przewodniczącą zarejestrowanego 7 marca 1938 Powiatowego Komitetu Pomocy Dzieciom i Młodzieży w Sanoku. Oboje mieli córkę Bogumiłę (ur. 19 maja 1922). Podczas wojny obie kobiety zostały deportowane z Trembowli w głąb ZSRR.