W czasie insurekcji kościuszkowskiej była tu straż miejska. W roku 1795–1796 zorganizowano tu pruski odwach (wojskową komendę miasta). Do dziś starzy warszawiacy tak nazywają obecnie stojący tu budynek.
Na polecenie namiestnika Józefa Zajączka w 1820 roku podjęto przebudowę fasady odwachu od strony Krakowskiego Przedmieścia. Projekt stworzył Piotr Aigner. Zgodnie z tym projektem przed istniejącą fasadą wybudowano dwupiętrową kolumnadę arkadową, wyrównując pierzeję. Koncepcję tę wzorowano na Teatrze Marcellusa w Rzymie. Wojsko rosyjskie zajmowało ten budynek do 1861 roku. W 1864 roku klasztor – w ramach represji popowstaniowych – został zlikwidowany przez władze carskie. Działki wokół klasztoru zostały rozparcelowane i wystawione na sprzedaż. W 1866 roku zachodnie skrzydło byłego odwachu przejął magistrat Warszawy, który wydzierżawił je na 15 lat Towarzystwu Zachęty Sztuk Pięknych, a parter – Janowi Blochowi na sklepy. Arkady oszklono. W 1881 roku Komitet Muzeum Przemysłu i Rolnictwa odkupił budynek pobernardyński od rządu rosyjskiego. W latach 1881–1884 wykonano gruntowną przebudowę budynku, w ramach której uzyskał on kształt litery „T”, ze skrzydłem odchodzącym od przyulicznego frontonu. Urządzono tu Muzeum Przemysłu i Rolnictwa. Już w 1876 roku uruchomiono tu pracownię chemiczną, która działała aż do 1939 roku.