Einsatzgruppe IV sformowana została w rejonie Złocieńca i do 4 września funkcjonowała jako Einsatzgruppe Damburg. Od 1 września, momentu wybuchu II wojny światowej, grupa ta kierowała się wraz z frontem w kierunku południowo-wschodnim. W kampanii wrześniowej przyporządkowana była niemieckiej 4 Armii pod dowództwem gen. Günthera von Kluge, której przypadło zadanie opanowania tzw. „polskiego korytarza” na Pomorzu. W trakcie postępu działań wojennych teren działalności Einsatzgruppe IV zmieniał się.
W początku września Einsatzgruppe 2/IV dotarła do pierwszej okupowanej polskiej miejscowości Chojnic. W mieście tym pozostał jeden oddział Sonderkommando, który dwie doby później skierowany został do Chełmży. 7 września 1939 roku Einsatzgruppe 2/IV dotarło do Koronowa przejmując od Wehrmachtu zarząd miejscowego miejskiego więzienia. Jednak już kolejnego dnia, 8 września Lothar Beutel otrzymał rozkaz przeniesienia do Bydgoszczy i koronowskie więzienie przejął z kolei oddział Einsatzkommando 16.
Drugi oddział Einsatzgruppe IV dołączył do pierwszego pododdziału (Einsatzkommando 1/IV) uczestniczącego od 5 września 1939 pod dowództwem SS-Sturmbannführera Helmuta Bischoffa w krwawej niedzieli w Bydgoszczy.