Przed podjęciem pracy w samorządzie lokalnym zajmował się biznesem, będąc między innymi prezesem zarządu dużej spółki. W 1998 roku został wybrany do rady miasta Charkowa w 23 okręgu wyborczym. W radzie miejskiej założył i przewodniczył opozycyjnej, nieformalnej grupie „Nowy Charków – nowe możliwości”, które przeciwstawiała się ówczesnym władzom. W wyborach samorządowych w 2002 roku otrzymał poparcie ponad 90% wyborców w okręgu.
Od 11 kwietnia do 28 maja 2002 roku pełnił funkcję sekretarza rady miejskiej w Charkowie.
W 2004 roku udzielił poparcia dla pomarańczowej rewolucji.
W 2005 roku wstąpił do Partii Regionów. Rok później prowadził kampanię wyborczą na stanowisko burmistrza dla swojego przyjaciela i współpracownika Mychajła Dobkina, który wygrał wybory. Sam Hennadij Kernes został natomiast sekretarzem rady miasta Charkowa. Funkcję tę pełnił od 26 marca 2006 do 24 listopada 2010 roku.