W efekcie trudnej sytuacji finansowej pojawiły się koncepcje likwidacji placówki, do której ostatecznie nie dopuszczono; konieczne okazało się natomiast zmniejszenie liczby etatów.
Pomimo trudności finansowych, w latach 1990–1995 na terenie dawnego założenia zamkowego przeprowadzono szeroko zakrojone badania archeologiczne. Ich efektem było odkrycie m.in. setek renesansowych kafli oraz relikty zabudowań zamkowych, które po zakończeniu badań stały się częścią plenerowej wystawy archeologicznej. W międzyczasie do użytku oddano lapidarium w piwnicach. Inną ważną inwestycją zrealizowaną w latach 90. XX wieku był remont sali wystaw czasowych. W 2004 roku rozpoczęły się prace na konserwacją renesansowego portalu chojnowskiego zamku. Kolejną dużą inwestycją zrealizowaną w siedzibie muzeum był remont elewacji i dachu jaki miał miejsce w 2008 roku. W 2014 roku pod władanie muzeum powróciła Baszta Tkaczy, w której otwarto ekspozycję i zorganizowano punkt widokowy. Zabytkowy obiekt wcześniej przeszedł gruntowny remont – zarówno wewnątrz jak i na zewnątrz.