Batalion Graniczny Pomorskiej Brygady WOP w Chojnie funkcjonował do 31 października 1989 i 1 listopada 1989 został rozformowany, a Strażnica WOP Czelin podporządkowana została bezpośrednio pod sztab Pomorskiej Brygady WOP już jako Strażnica WOP Lądowa kadrowa w Czelinie (na czas „P” kadrowa)Zarządzenie Organizacyjne Nr 0357/Org z dnia 29 września 1989 w sprawie zmian organizacyjnych w jednostkach WOP, ujęte w ramowym planie restrukturyzacji Wojsk Ochrony Pogranicza.. Tak funkcjonowała do 15 maja 1991. Żołnierze służby zasadniczej WOP z ostatnich poborów nadal pełnili służbę w strażnicy.

Straż Graniczna: 15 maja 1991 po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, 16 maja 1991 strażnica została przejęta przez Pomorski Oddział Straży Granicznej w Szczecinie i przyjęła nazwę Strażnica Straży Granicznej w Czelinie (Strażnica SG w Czelinie).

W 2000 rozpoczęła się reorganizacja struktur Straży Granicznej, związana z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. W wyniku tej restrukturyzacji 1 października 2002 Strażnica SG w Czelinie przejęła obszar służbowej odpowiedzialności po rozformowanej strażnicy SG w Namyślinie.