23 stycznia 2018 została przewodniczącą Krajowej Rady Sądownictwa, zastępując Dariusza Zawistowskiego. 6 marca 2018 zrezygnowała z tej funkcji. Stało się to w dniu, w którym posłowie Prawa i Sprawiedliwości oraz Kukiz’15 wybrali nowy skład KRS (na podstawie nowej ustawy przekazującej Sejmowi kompetencję wyboru sędziów wchodzących w skład rady).

W kwietniu 2018 weszła w życie uchwalona głosami posłów PiS nowa ustawa o Sądzie Najwyższym, przewidująca m.in. obniżenie granicy wieku stanu spoczynku sędziów SN i przeniesienie w stan spoczynku sędziów, którzy ukończyli 65 lat i nie uzyskali zgody prezydenta na dalsze orzekanie.. Małgorzata Gersdorf nie przystąpiła do tej procedury i nie złożyła do lipca 2018 oświadczenia określonego w tej ustawie (uznając część jej rozwiązań za niekonstytucyjne, m.in. z uwagi na to, że dotyczyła sędziów już orzekających i pozwalała na faktyczne skrócenie konstytucyjnej kadencji Pierwszego Prezesa SN). Wcześniej w czerwcu 2018 Zgromadzenie Ogólne SN podjęło uchwałę stwierdzającą, że Małgorzata Gersdorf pozostaje Pierwszą Prezes SN do końca jej kadencji w kwietniu 2020. Małgorzata Gersdorf wyznaczyła sędziego Józefa Iwulskiego jako osobę zastępującą ją na czas nieobecności, wskazując, iż jej status od lipca 2018 się nie zmienił.