Prezbiterium thumb|left|200px|Tron z obrazem Matki Bożej Pompejańskiej Prezbiterium otacza 8 marmurowych kolumn oraz balustrada z 4 wejściami. Ściany prezbiterium zdobią freski i mozaiki szkoły artystycznej Carmini z Wenecji kierowanej przez Romualdo Scarpa (1969). Zastąpiły one uszkodzone przez wilgoć freski aniołów i girland Arzuffi, Marigliani, Bertacchi i Donati z 1938. Mozaikowy fryz przedstawia postacie kobiece ze Starego Testamentu wśród aniołów i świętych. Na sklepieniu znajduje się Wniebowzięcie NMP autorstwa Ferma Taraginiego. Po lewej herb Piusa XI, po prawej Longo.
Ołtarz stoi na marmurowym postumencie o 5 stopniach. Nastawa ołtarzowa została wykonana na podobieństwo tronu (i tak też jest określana). Została zbudowana w 1887 roku, a na obecne miejsce przeniesiono ją w roku 1937. Wznosi się od szerokiej podstawy z szarego marmuru, na którym leży girlanda białego marmuru, po bokach stoją dwaj aniołowie z brązu autorstwa Cepparulego i 4 kolumny marmurowe o podstawach i kapitelach z brązu. Na tronie znajduje się obraz Matki Bożej Pompejańskiej w pozłacanej ramie, wokół 15 medalionów z miedzi z tajemnicami różańca autorstwa Vincenza Paliottiego, a dalej obramowanie z różnobarwnego marmuru, malachitu, onyksu i lapisu lazuli.
Obraz Matki Bożej Pompejańskiej