Organizacja w Ministerstwie Dla swoich potrzeb Ministerstwo ustanowiło szereg organizacji: Agencja Ochrony Przyrody i Krajobrazu (AOPK) Czeska Agencja Informacyjna Środowiska (CENIA) Czeska Służba Geologiczna (ČGS) Czeska Inspekcja Środowiska (ČIŽP) Czeski Instytut Hydrometeorologiczny (ČHMÚ) Zarząd Jaskiń Republiki Czeskiej (SJ ČR) Zarząd Karkonoskiego Parku Narodowego Zarząd Parku Narodowego Szumawa Zarząd Parku Narodowego Czeska Szwajcaria Zarząd Parku Narodowego Podyje Państwowy Fundusz Środowiska (SFŽP) Instytut Badawczy Silva Taroucy dla Krajobraz i Ogrodnictwo Ozdobne (VÚKOZ) Instytut Badawczy Gospodarki Wodnej im. T. G. Masaryka (VÚV TGM)
Lista ministrów Czechy w składzie Czecho-Słowacji (do 1992 r.) Lp. MinisterPartiaOkres urzędowaniaRząd1.Bedřich Moldan75pxOF29 czerwca 1990 – 24 stycznia 1991Rząd Petra Pitharta2.Ivan Dejmal75pxOF24 stycznia 1991 – 2 lipca 1992Rząd Petra Pitharta3.František BendaKDS2 lipca 1992 – 4 lipca 1996Pierwszy rząd Václava Klausa Czechy (od 1993 r.) Lp. MinisterPartiaOkres urzędowaniaRząd1.František BendaKDS 2 lipca 1992 – 4 lipca 1996Pierwszy rząd Václava Klausa2.Jiří Skalický ODA4 lipca 1996 – 20 lutego 1998Pierwszy rząd Václava Klausa Rząd Josefa Tošovskiego3.Martin Bursík75pxbezpartyjny 20 lutego 1998 – 22 lipca 1998Rząd Josefa Tošovskiego4.