Założył wówczas kilka klasztorów, m.in. w Solignac i Paryżu, przekazywał datki dla biednych i podejmował próby ewangelizacji podbijanych terenów. 13 maja 640 roku otrzymał (wraz ze swoim przyjacielem Audoenem) sakrę biskupią i po śmierci biskupa Akariusza objął urząd w Noyonie (z jurysdykcją również nad Tournai)Audoen (Ouen), który objął urząd w Rouen, był w późniejszym czasie autorem biografii Eligiusza..
W 654 roku Eligiusz przyjął przywilej dla opactwa Saint-Denis (wyłączenia go spod jurysdykcji zwykłych). W Noyon zbudował klasztor dla panien i założył tam opactwo, podobnie jak w Tournai i w Saint-Quentin. Po znalezieniu ciała chrześcijańskiego męczennika Kwintyna, którego tam pojmano, nakazał wzniesienie ku jego czci kościoła z regułą zakonną irlandzkiego mnicha św. Kolumba. Odkrył również ciała św. Piatusa († ok. 286) i jego towarzyszy oraz szczątki irlandzkiego misjonarza św. Furzeusza († ok. 650).
W 659 roku zrezygnował z urzędu i podjął się chrystianizacji terenów Flandrii, zamieszkanych przez pogańskich Flamandów oraz Fryzów, mieszkańców rejonu Antwerpii, Tournai, Courtrai (w pobliżu Gandawy), Brugii (fr. Bruges) i Douai, a także barbarzyńskich plemion zamieszkujących wzdłuż wybrzeża. Zmarł w wieku ok. 70 lat.