W 1481 uczestniczył w obradach kapituły generalnej zakonu w Rzymie jako przedstawiciel prowincji Lombardii Górnej, a w maju 1483 brał udział w obradach kapituły prowincjonalnej Lombardii Górnej w Savigliano.

W 1483 (po 10 stycznia) został mianowany przez generała zakonu Salvo Cassettę oraz legata papieskiego w Piemoncie, kardynała Domenico della Rovere, inkwizytorem diecezji Mondovì, którą tym samym wyłączono spod jurysdykcji inkwizytora Savigliano. W tym samym roku Biagio Berra aresztował w dolinie Val Lucerna niejakiego Filipa Nazarota, który był kaznodzieją waldensów, grupy heretyckiej zamieszkującej tę i kilka innych dolin alpejskich. Prawdopodobnie fakt ten stał się przyczyną rebelii waldensów, której ofiarą padł także Berra. Choć jemu samemu udało się ujść z życiem, jednego z jego sług zabito, a dom, w którym przebywał, został zrównany z ziemią. Prawdopodobnie to doświadczenie spowodowało, że kiedy w 1487 papież Innocenty VIII ogłosił krucjatę przeciwko waldensom, Biagio Berra uchylił się od wzięcia w niej udziału i to pomimo imiennego zaproszenia od dowódcy krucjaty, komisarza papieskiego Alberto Cattaneo z Cremony. Berra powoływał się na stan zdrowia, jednak argument ten nie przekonał Alberto Cattaneo ani papieża Innocentego VIII.