Waner jest laureatem wielu nagród. Należą do nich nagroda honorowa przyznawana przez Amerykańską Akademię Otolaryngologii w dziedzinie chirurgii głowy i szyi oraz nagroda za osiągnięcia sieci Children's Miracle Network. Został honorowym członkiem Brytyjskiej Akademii Estetycznych Chirurgów Plastycznych. Niedawno jego imieniem nazwano holownik pływający w porcie Nowego Jorku (dr Milton Waner, USA). Doktor Waner konsekwentnie znajduje się na kilku listach najlepszych lekarzy, w tym najlepszych lekarzy w Ameryce, najlepszych lekarzy w Ameryce i najlepszych lekarzy w Nowym Jorku, a także został przedstawiony na okładce jako jeden z „Najlepszych lekarzy: w 1999 r. w US News & World Report.
Osiągnięcia Odkrycia naukowe Uważany jest za światowy autorytet w leczeniu naczyniaków i malformacji naczyniowych. Był pionierem w rozwoju laserów. Posiada liczne amerykańskie i międzynarodowe patenty na urządzenia medyczne. Jednym z jego najnowszych wynalazków są okulary na podczerwień, które mogą wizualizować żyły przez nieuszkodzoną skórę.