Rosyjskie władze zaborcze były jednak niechętne polskim organizacjom społecznym. W ramach represji, które nastąpiły po stłumieniu przez carskie władze rewolucji 1905 roku, działalności Sokoła w Królestwie Polskim całkowicie zakazano w 1906 roku specjalnym zarządzeniem władz rosyjskich sygnowanym przez gubernatora Gieorgija Skałona. „Sokół” przeszedł do konspiracji i w utajnionej formie przetrwał w Zagłębiu do wybuchu I wojny światowej. Po wybuchu wojny jego struktury organizacyjne zostały ujawnione, a członkowie masowo zasilili szeregi nowo powstających oddziałów Wojska Polskiego. Organizacja zakończyła swoje funkcjonowanie na terenie Będzina w 1939 roku w związku z wybuchem II wojny światowej.
W czasie okupacji Polski wszyscy członkowie organizacji byli prześladowani przez III Rzeszę. Po jej zakończeniu próby reaktywacji zakończyły się niepowodzeniem w wyniku zakazu legalnej działalności przez PZPR. Zadecydowały o tym m.in. niepodległościowy charakter oraz przeważające wśród członków organizacji sympatie endeckie.