W wyniku wybuchu powstania rodzina została ponownie rozdzielona – Helena Kazimierczak-Połońska z synem schroniła się na wsi pod Warszawą, zaś Leon Kazimierczak z teściową (matką Heleny) pozostali w ogarniętym powstaniem mieście.
Po upadku powstania udało jej się odnaleźć matkę. Mąż został wywieziony przez Niemców do obozu jenieckiego pod Wiedniem. Później zdołała nawiązać z nim kontakt korespondencyjny. Spotkali się później jako przyjaciele, mieszkający wówczas w różnych państwach.
Działalność w ZSRR W 1945 roku podjęła bardzo odważną i kluczową dla dalszego jej życia decyzję: jako prawosławna, uznała, że powinna powrócić na Ruś, chociaż wówczas był to totalitarny Związek Sowiecki. Udała się do Chersonia, znalazła tam zatrudnienie w Instytucie Pedagogicznym (uczelni kształcącej nauczycieli). Ten okres życia łączy się z problemami w życiu osobistym: mimo wysiłków nie zdołała połączyć się z mężem, który nie dostał zgody na wyjazd do ZSRR, syn zmarł tragicznie w czerwcu 1948.
We wrześniu 1948 Kazimierczak-Połońska rozpoczęła pracę naukową w Instytucie Astronomii Teoretycznej Akademii Nauk ZSRR w Leningradzie. W 1950 obroniła pracę naukową pt.