Po upadku władzy centralnej w Persji, który zaowocował między innymi powstaniem na Zakaukaziu chanatów azerbejdżańskich, na ziemiach dawnego ormiańskiego Waspurakanu powstał chanat nachiczewański – formalnie wasalny wobec Persji, w rzeczywistości niezależny. W tej formie Nachiczewan okrzepł i przetrwał ponad stulecie.
Po przegranej Persji w kolejnej wojnie z Rosją mocą traktatu turkmanczajskiego z 1828 chanat nachiczewański został przyłączony do Rosji. Początkowo u władzy pozostawiono chana nachiczewańskiego jako rosyjskiego gubernatora, jednak ostatecznie Nachiczewan spadł do rangi jednego z powiatów guberni erewańskiej. Według rosyjskiego spisu powszechnego z 1897 powiat nachiczewański liczył 3,8 tys. km² i prawie 87 tys. mieszkańców, wśród których jedną trzecią stanowili Ormianie, a dwie trzecie – Azerowie.